В данном исследовании мы сравнили разные варианты оценки влияния полиморфизма SSR-локусов на показатели аллельной и генетической изменчивости в популяции сосны обыкновенной ( Pinus sylvestris L.). Для исследования влияния полиморфизма SSR-локусов на оценки изучаемых параметров аллельного и генетического полиморфизма они были разбиты на 3 группы: общая выборка, состоящая из 14 EST-SSRs и 4 nSSRs локусов (первая группа локусов), выборка из 13 EST-SSRs и 4 nSSRs, исключающая 1 мономорфный локус (вторая группа локусов) и выборка из 7 EST-SSRs и 2 nSSRs, исключающая локусы, выявившие по 2 аллельных варианта на локус (третья группа). Получены сходные средние оценки аллельной и генетической дифференциации, вычисленные с использованием 18 и 17 EST-SSRs и nSSRs локусов из первой и второй группы: показатель А составил - 3,500 и 3,647, Не - 2,464 и 2,550 соответственно. В тоже время, анализ параметров аллельного разнообразия образцов сосны из изучаемой популяции показал максимальный уровень полиморфности по 7 EST-SSRs и 2 nSSRs локусам, выявивших в исследовании от 3 аллельных вариантов и более (показатель А составил 5,111, Не - 3,308). Сходная тенденция в увеличении показателей генетического разнообразия выявлена также для этой группы локусов: показатель ожидаемой гетерозиготности (Hе) равен 0,635. Полученные результаты на примере популяции сосны обыкновенной показывают, что значения аллельного разнообразия напрямую зависят от полиморфности локусов, использованных в исследовании. В связи с этим, для мониторинга состояния генетических ресурсов хозяйственно-ценных древесных пород с применением методов анализа ДНК, на наш взгляд, он должен включать в себя единую панель микросателлитных локусов, с которыми будет работать исследователь при изучении всех выборок в данном регионе или лесосеменном районе для уменьшения ошибки при расчете показателей генетической структуры.
In this study, we compared different options for assessing the effect of SSR loci polymorphism on the indicators of allelic and genetic variability in the Scotch pine ( Pinus sylvestris L.) population growing in the ecologically favorable territory of the steppe zone of European Russia. To study the influence of polymorphism of microsatellite loci on the estimates of the studied parameters, they were divided into 3 groups: a total sample of 14 EST-SSRs and 4 nSSRs of loci (the first group of loci), a sample of 13 EST-SSRs and 4 nSSRs, excluding 1 monomorphic locus (second group of loci) and a sample of 7 EST-SSRs and 2 nSSRs, excluding loci that identified 2 allelic variants each (third group of loci). Similar average estimates of allelic and genetic differentiation were obtained, calculated using 18 and 17 EST-SSRs and nSSRs loci from the first and second groups: A value was 3.500 and 3.647, He - 2.464 and 2.550, respectively. At the same time, the analysis of the parameters of the allelic diversity of pine samples from the studied population showed the maximum level of polymorphism for 7 EST-SSRs and 2 nSSRs loci, which revealed in the study from 3 allelic variants or more (the indicator was A - 5.111, ne - 3.308). A similar trend in the increase in genetic diversity indicators was also revealed for this group of loci: the expected heterozygosity index (He) is 0.635. Our results on the example of the Scotch pine population show that the values of allelic diversity directly depend on the polymorphism of the loci used in the study. In this regard, in order to monitor the state of genetic resources of economically valuable tree species using DNA analysis methods, in our opinion, it should include a single panel of microsatellite loci with which the researcher will work when studying the analysis of all samples in a given region or forest seed area for reducing errors in the calculation of indicators of the genetic structure.
The authors declare that there are no conflicts of interest present.