Use of microsatellite markers for DNA passportization and study of genetic relations of cultivars of peach that are similar in origin
https://doi.org/10.25684/NBG.boolt.130.2019.13
Abstract
The results of polymorphism analyze of 18 microsatellite markers on samples of 19 peach cultivars, including several groups of cultivars of similar origin, are presented. The markers have shown the level of polymorphism from 2 (BPPCT028 and UDP98-409 markers) to 7 alleles (EMPaS01 markers) per locus. Allele set of three most polymorphic markers formed unique fingerprints for each of the studied cultivars, despite the common origin for many cultivars. The results of cluster analysis revealed patterns in the distribution of clusters, consistent with the origin of cultivars.
About the Authors
I. I. Suprun
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Северо-Кавказский федеральный научный центр садоводства, виноградарства, виноделия»
Russian Federation
Russian Federation
A. V. Smykov
Никитский ботанический сад - Национальный научный центр РАН
Russian Federation
Russian Federation
I. V. Stepanov
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Северо-Кавказский федеральный научный центр садоводства, виноградарства, виноделия»
Russian Federation
Russian Federation
References
1. Плугатарь Ю.В., Бабина Р.Д., Супрун И.И., Науменко Т.С., Алексеев Я.И. Оценка сортов груши, выделенных из генофондовой коллекции Никитского ботанического сада по комплексу хозяйственно ценных признаков, с помощью микросателлитных маркеров // Вавиловский журнал генетики и селекции - 2018. - 22 (1) - С. 60-68 DOI 10.18699 / VJ 18.332/.
2. Смыков А.В., Федорова О.С., Шишова Т.В., Иващенко Ю.А. Селекция персика и ее результаты в Никитском ботаническом саду // Сборник научных трудов ГНБС. - 2015. - Т. 140. - С. 23 - 33.
3. Супрун И.И., Смыков А.В., Токмаков С.В. SSR-фингерпринтинг и оценка генетических взаимосвязей сортов персика современной селекции Никитского ботанического сада // Садоводство и виноградарство. - 2017. - № 5. - С. 23 - 27.
4. Супрун И.И., Токмаков С.В., Степанов И.В., Балапанов И.М. Разработка мультиплексных наборов SSR-маркеров для использования в изучении генетического разнообразия в пределах родов Malus, Prunus и Pyrus // Научные труды ГНУ СКЗНИИСиВ «Методологическое обеспечение селекции садовых культур и винограда на современном этапе», 2013. - Т. 1. - С. 97 - 101.
5. Aranzana M.J., Carbó J., Arús P. Microsatellite variability in peach (Prunus persica (L.) Batsch): cultivar identification marker mutation pedigree inferences and population structure // Theor Appl Genet. - 2003. - V. 106. - P. 1341 - 1352.
6. Cipriani G., Lot G., Huang W.G., Marrazzo M.T., Peterlunger E., Testolin R. AC/GT and AG/CT microsatellite repeats in peach (Prunus persica (L) Batsch): isolation characterisation and cross-species amplification in Prunus // Theor Appl Genet. - 1999. - Vol. 99 - P. 65 - 72.
7. Dirlewanger E., Graziano E., Joobeur T., Garriga-Calderé F., Cosson P., Howad W., Arús P. Comparative mapping and marker-assisted selection in Rosaceae fruit crops // Proc Natl Acad Sci USA. - 2004. - V. 101 - P. 9891 - 9896.
8. Dirlewanger E., Cosson P., Tavaud M., Aranzana M. J., Poizat C., Zanetto A., Arús P., Laigret F. Development of microsatellite markers in peach (Prunus persica (L.) Batsch) and their use in genetic diversity analysis in peach and sweet cherry (Prunus avium L.) // Theor Appl Genet - 2002. - Vol. 105. - P. 127-138.
9. Faust M., Timon B. Origin and dissemination of peach // Hortic Rev. - 1995. - V. 17. - C. 331 - 379.
10. Guarino C., Santoro S., De Simone L., Cipriani G. Prunus avium: nuclear DNA study in wild populations and sweet cherry cultivars // Genome. - 2009. - V. 52. - P. 320 -337.
11. Hammer, Ų., Harper, D.A.T., Ryan, P.D. PAST: Paleontological statistics software package for education and data analysis // Palaeontologia Electronica. - 2001.- 4 (1). - P. 9.
12. Mnejja M., Garcia-Mas J., Audergon J-M., Arús P. Prunus microsatellite transferability across Rosaceae species // Tree Genet Genomes. - 2010. - V. 6. - P. 689 - 700.
13. Peakall, R. and Smouse P.E. GenAlEx 6.5: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research-an update // Bioinformatics. - 2012. - 28. - P. 2537 - 2539.
14. Testolin R., Marrazzo T., Cipriani G., Quarta R., Verde I., Dettori M.T., Pancaldi M., Sansavini S. Microsatellite DNA in peach (Prunus persica L. Batsch) and its use in fingerprinting and testing the genetic origin of cultivars // Genome - 2000. - Vol. 43 - P. 512 - 520.
15. Xie H., Sui Y., Chang F.Q., Xu Y., Ma R.C. SSR allelic variation in almond (Prunus dulcis Mill) // Theor Appl Genet. - 2006. - V. 112. - P. 366 - 372.
16. Yoon J.H., Liu D.C., Song W.S., Liu W.S., Zhang A.M., Li S.H. Genetic diversity and ecogeographical phylogenetic relationships among peach and nectarine cultivars based on simple sequence repeat (SSR) markers // Amer Soc Hort Sci. - 2006. - Vol. 131 - P. 513-521.
Review
For citations:
Suprun I.I., Smykov A.V., Stepanov I.V. Use of microsatellite markers for DNA passportization and study of genetic relations of cultivars of peach that are similar in origin. Bulletin of the State Nikitsky Botanical Gardens. 2019;(130):99-107. (In Russ.) https://doi.org/10.25684/NBG.boolt.130.2019.13
Views:
189
Email this article 