Первоначально «Бюллетень ГНБС» выходил в 1929-1935 гг. как отдельные тонкие брошюры – рекомендации по возделыванию различных культур. Всего было опубликовано 19 таких выпусков.

В современном виде «Бюллетень» начал выходить с 1956 года. В 1956-1957  он назывался «Бюллетень научно-технической информации ГНБС»,  а после получил название, сохранившееся до настоящего времени – «Бюллетень  Государственного Никитского ботанического сада» (сокращенное – «Бюллетень ГНБС»). В 1979 году изданию присвоен международный стандартный серийный номер – ISSN 0513-1634.

Учредителями журнала выступает:

Федеральное государственное бюджетное учреждение науки «Ордена Трудового Красного Знамени Никитский ботанический сад – Национальный научный центр РАН»( 298648 Республика Крым, г. Ялта, пгт Никита, спуск Никитский, 52)